Após muito tempo tentando configurar o Ubuntu para expandir o Desktop para 2 monitores consegui realizar a configuração correta utilizando este tutorial para configurar a função Xinerama de placas Nvidia.
O truque que observei foi de seguir o exemplo dado e aplicar a sua configuração atual. No meu caso, observando o arquivo xorg.conf (localizado em /etc/X11/xorg.conf) estava com a função TwinView estava ativada e funcionando e o que tive que fazer foi adaptar á Configuração do Xinerama da seguinte forma:
- Dupliquei a seção Monitor e Device, identificando cada um diferentemente. (estas configurações foram tiradas da configuração padrão criada pelo driver da Nvidia quando selecionado "separate X screens");
- Criei 2 seções Screen com a propriedade "Modes" da subsessão Display com as resoluções desejadas de cada monitor, que no caso eram iguais a "1680x1050" e "1024x768";
- Para mostrar qual era a disposição das telas, mesclei a seção ServerLayout de modo que os InputDevices eram os que eu já tinha na minha configuração anterior.
Finalmente, saí do modo gráfico ( ctrl + F5 por exemplo) e reiniciei a interface gráfica com sudo service lighdm restart.
Felizmente, agora tudo funciona como deveria.
*Edit: Importante acrescentar as linhas seguintes a cada device acidionado:
Option "RenderAccel" "true"
Option "UseEdidFreqs" "true"
E remover (no meu caso) a seguinte linha gerada automaticamente:
Option "nvidiaXineramaInfoOrder" "CRT-1"
